Третиране на фактура от гръцки митнически агент

Във връзка с този въпрос: ЕООД получава фактура от гръцки митнически агент на обща стойност 2717,15 евро, която включва 2307,37 евро - мито, 50 евро - митнически такси, 287,78 евро товаро-разтоварни на пристанище и 75 евро агентска комисионна. За мито и митнически такси са приложени към фактурата вносни бележки /подобни на нашите от Изипей/. Те са платени реално от агента, но като платец е вписано ЕООД. За товаро-разтоварните дейности е приложена фактура в размер на 287,78 евро - фактурата е издадена на ЕООД /не на митническия агент/, платена е по същия начин /или в брой/ от агента, но като платец отново е вписано българското ЕООД. Остават едни 75 евро - агентската комисионна, които са реалното заплащане на агента. Чисто счетоводно вземам агента като подотчетно лице или доверител и всяка една фактура и платежна бележка разплащам през разчетната сметка, за да останат реално задълженията към доверителя. ЕООД превежда на митническия агент общата сума на фактурата по банков път /2717,15 евро/. С ДДС декларацията не знам как да процедирам. Ако самоначисля ДДС на цялата фактура на митническия агент, не трябва да правя самоначисляване на товаро-разтоварните дейности /но тази фактура е декларирана във VIES от доставчика/. Ако съставя два протокола за самоначисляване, се получава дублиране на разходите. Най-логично е да се състави отделен протокол за самоначисляване на товаро-разтоварните дейности и отделен протокол за комисионната на митническия агент. Но от друга страна може ли да се съставя протокол на част от стойността на една фактура?